纯净水和自来水也都并非对人体有利无害。自来水是水处理厂对来自河流、水库等水系的水加工处理达到国家自来水标准的水，而纯净水是饮用水公司对自来水中一些杂质加工处理后各项指标达到国家标准相对净的水。自来水需要煮沸后饮用，纯净水可以直接饮用。纯净水和自来水的危害主要也源于运输处理的过程中无法完全保证水质的安全和卫生。
自来水由于输送渠道比较多，各个环节中由于时间长、管道失修、水箱清理卫生不及时等原因容易导致水质变异，影响到水的安全性。因此，对一些管理相对较差的地方，可能会出现自来水到用户家里时，一些不利的指标已经超出国家的标准。所以饮用前最好是先沉淀几个小时，再彻底煮沸后再饮用。如果运输和灌装的过程中没有按标准来进行，那么所谓的纯净水也未必是真正达标的纯净水。一些不法分子将不符合饮用标准的自来水灌入纯净水桶中当纯净水卖的行为也曾多次被媒体报道。
另外，纯净水的主要危害则是在过滤的过程中滤掉了水中对人体的矿物质和微量元素，所以如果长期饮用会对人体健康不利。纯净水不但不能补充钙、锌等元素，本身体内已有的一些矿物质都会被纯净水吸收而排出体外。所以，纯净水并不适合长期作为饮用水来饮用。