新生儿泪囊炎是由于鼻泪管下端的胚胎残膜没有退化，阻塞鼻泪管下端，导致泪液和细菌潴留在泪囊内，引起继发性感染所致。
一般情况下，新生儿出生时在母亲产道中受到挤压，鼻泪管末端的瓣膜会破裂，从而促使鼻子与眼泪之间的通道打开。当鼻泪管末端的瓣膜没有破裂时，就会导致眼泪不能通过鼻腔排出，使得眼泪一直积压在泪囊中，不仅眼泪越积越多，细菌也会在这里滋生并尽情繁殖，形成脓包。
如果这些细菌的病毒性很强，就会穿破泪囊，跑到周围的组织中去，这时候新生儿不仅眼泪多，还有眼屎多、内眼角下方鼻根处又红又肿的情况，这就是急性泪囊炎。如果治疗不及时，泪囊化脓后甚至会烂穿皮肤表层，形成泪囊瘘。
新生儿泪囊炎对未经产道挤压的剖腹产婴儿比较常见，不过绝大多数患儿在经过治疗后会在出生4-6周内有所好转，少部分患儿会出现更严重情况。