1)一般治疗:休息、适当营养、避免疲劳等。
2)药物治疗:前列腺结核药物治疗效果好。用药时间为6个月，前列腺液、精液结核杆菌培养结果也有助于估计用药期限。目前治疗方案可参考国际抗结核协会推荐的短程化疗。治愈标准是前列腺液结核杆菌培养阴性，临床症状和体征消失。
3)手术治疗:前列腺结核一般不主张前列腺切除术，现代抗结核药物治疗多能控制病变，而且这种手术需要将前列腺与睾丸、输精管、精囊等一起切除，手术范围广，有一定的危险，手术后结核性会阴尿道瘘只有当前列腺结核严重、广泛空洞形成、干酪样变性或造成尿路梗阻，用一般药物治疗不能缓解时，或者前列腺结核寒性脓肿已引起尿道、会阴部赛道时，可考虑作前列腺切除术。
前列腺结核伴有附睾结核的病例，如果药物治疗无效，可考虑作附睾切除术，对前列腺结核的治疗也有好处，附睾切除后，前列腺结核多可逐渐愈合。